In der Rinder- und Schweinehaltung ergibt sich ein enormes Potenzial für die Biogaserzeugung. Durch immer weiter wachsende Betriebe und gestiegene Umweltanforderungen an die Nutzung der Exkremente müssen Verwertungsmöglichkeiten für den anfallenden Wirtschaftsdünger (Gülle und Festmist) gefunden werden. Eine energetische Nutzung ist aus Klimasicht wichtig, um die Lageremissionen deutlich zu verringern.
In landwirtschaftlich eher kleinstrukturierten Regionen Deutschlands, wie beispielsweise in Bayern, reicht die Gülle eines einzelnen Betriebes jedoch häufig nicht aus, um eine Biogasanlage zu betreiben. Ein Kubikmeter Rindergülle hat etwa einen Trockensubstanz-Gehalt (TS) von 10 Prozent. Darin sind aber noch Mineralien und andere nicht-organische Verbindungen enthalten, die nicht zu Biogas umgesetzt werden können. Die restlichen 90 Prozent der Gülle sind Wasser. Bei Energiepflanzen wie Mais, als Ganzpflanze geerntetem Getreide oder Grünland liegt der Trockensubstanz-Gehalt häufig über 30 Prozent. Auf die Frischmasse bezogen entsteht aus Energiepflanzen somit mehr Methan, als aus Gülle.
Der spezifische Anfall von Gülle hängt nicht nur von der Tierart, sondern auch von einer Reihe weiterer Bedingungen wie etwa der Haltungsart ab. Letztlich kann man aber als Faustzahl ansetzen, dass ca. acht bis zwölf Großvieheinheiten (1 GVE = ca. 500 kg Lebendgewicht Tier) nötig sind, um Biogas für 1 kW elektrische BHKW-Leistung zu erzeugen. Auch der gemeinsame Einsatz von Gülle und Mist von verschiedenen landwirtschaftlichen Betrieben in einer gemeinsamen Biogasanlage ist denkbar. Allerdings muss in diesem Fall auf die Vorgaben aus dem Dünge- und Veterinärrecht geachtet werden.
Rinder- und Schweinegülle sind gut pump- und lagerfähig, der Einsatz in Biogasanlagen ist daher ohne Probleme möglich. Aufgrund ihres niedrigen TS-Gehalts lassen sie sich gut mit weiteren Substraten kombinieren. Soll Festmist in der Biogasanlage verwendet werden, muss ein deutlich höherer technischer Aufwand betrieben werden. Nicht jede am Markt verfügbare Feststoffeinbringung kann Mist verarbeiten.