Die Gülle fließt im einfachsten Fall vom Stall direkt in die Vorgrube und von dort in den Fermenter.
Feste Substrate können beispielsweise mit Hilfe von stationären Beschickern direkt in den Fermenter eingebracht werden. Es gibt verschiedene Anbieter für Einbringtechnik. Auch Kombi-Systeme sind verfügbar, die feste und flüssige Substrate bereits bei der Einbringung vermengen. In der Regel wird die Einbringtechnik bei landwirtschaftlichen Biogasanlagen so ausgelegt, dass für ca. einen Tag Substrat vorgehalten wird. Die Beschickung erfolgt dann meist automatisch in einstellbaren Zeitintervallen. Durch möglichst kurze Wege vom Substratlager zur Einbringtechnik und von dort in den Fermenter kann der Eigenenergiebedarf der Biogasproduktion reduziert werden.
Bei der Aufbereitung der Substrate setzen auch viele Optimierungsvorschläge für Biogasanlagen an. So gibt es eine Reihe von Aufschlussverfahren um die Subtrate leichter vergärbar zu machen und/oder eine bessere Gasausbeute zu erreichen. Der Aufschluss kann mechanisch, thermisch unter Druck oder auch mittels Schall erfolgen. In der Praxis müssen die Kosten für die Aufschlusstechnik sowie deren Energiebedarf der verbesserten Vergärbarkeit der Substrate gegenüber gestellt werden.