Der Fermenter kann in liegender oder stehender Bauweise aus Stahl bzw. Beton gefertigt sein und muss luft- und lichtundurchlässig sein.
Bei der erstmaligen Inbetriebnahme einer Anlage kann es bis zu drei Monate dauern, bis sich die Prozesse im Fermenter eingespielt haben und ausreichend Biogas erzeugt wird. Zur Beschleunigung wird etwas Gärsubstrat aus einer bestehenden Anlage zum „Animpfen” des Gärprozesses in den Fermenter eingebracht. Die Prozesstemperatur wird meist im mesophilen Bereich, auf etwa 37 bis 42 °C, gehalten. Aber auch eine thermophile Betriebsweise im Bereich von 50 bis 55 °C ist möglich.
Grundsätzlich kann zwischen kontinuierlichen und diskontenuierlichen Verfahren unterschieden werden. Bei einem kontinuierlichen Verfahren erfolgt täglich eine Zugabe von Substraten in den Fermenter und eine Entnahme aus dem Fermenter in einen Nachgärer oder in das Gärproduktelager. Bei einem diskontinuierlichen Verfahren – oder auch Batch-Verfahren – wird der Gärbehälter mit Substrat befüllt und anschließend verschlossen. Nach der vorgesehenen Verweildauer wird das Material entnommen und in das Gärproduktelager gegeben. Dieses Verfahren kommt vor allem bei sogenannten Garagenfermentern zum Einsatz. Das Substrat ist dann meist strukturreich und nicht pump- und rührfähig. Diese Technik findet insbesondere bei der Vergärung von Grünschnitt und weiterem Material mit hohen Störstoffanteilen Verwendung.